Das Gemeinnützige CHE Centrum für Hochschulentwicklung GmbH wurde auf Initiative von Reinhard Mohn und Professor Dr. Hans-Uwe Erichsen, dem damaligen Präsidenten der Hochschulrektorenkonferenz, gegründet. Am 1. Mai 1994 nahm es mit Professor Dr. Detlef Müller-Böling an der Spitze seine Arbeit auf. Im August 2008 übergab Müller-Böling die Leitung des CHE an Dr. Jörg Dräger und Professor Dr. Frank Ziegele.

Das CHE versteht sich als eine Reformwerkstatt für das deutsche und europäische Hochschulwesen. Es arbeitet an neuen Ideen und Konzepten, als Projektpartner für Hochschulen und Ministerien, als Anbieter von Fortbildungsprogrammen und des differenziertesten Hochschulrankings. Die Idee der "entfesselten Hochschule", die Müller-Böling im Jahr 2000 in einem gleichnamigen Buch skizziert hat, dient als Leitmotiv. Dabei steht nicht nur die einzelne Hochschule im Fokus, sondern ebenso das sie umgebende Wissenschaftssystem und die mit ihr verbundenen gesellschaftlichen Zielsetzungen und Entwicklungen.

Gesellschafter sind die Bertelsmann Stiftung und die Stiftung zur Förderung der Hochschulrektorenkonferenz.
Über ihre Themen und Projekte entscheidet das CHE weisungsfrei und unabhängig. Das Gesamtbudget beträgt ca. 3 Mio. Euro pro Jahr und wird etwa zur Hälfte von der Bertelsmann Stiftung finanziert.